乾隆皇帝得到硕色、爱必达关于宫尔劝藏匿财产的奏报后大为恼火，他在二人联名奏折中作批示：“宫尔劝实可恶，应夹讯。汝等若不能清实情，何以见朕。”乾隆十六年（1751）正月，乾隆皇帝传谕云贵总督硕色：“严行查办，务得实情。即加以刑讯，亦不足惜。”硕色、爱必达得到乾隆皇帝旨意后，随即对宫尔劝用刑。硕色在奏折中称，对宫尔劝“动刑严加刑讯”“刑讯再三”。但宫尔劝坚供“无通同分肥”“未敢自己侵蚀”，并且一直坚称自己并无藏匿财产之事。后来查明，在家人存放的箱笼是早之前家眷存放在家人处，根本就没有料到有查抄家产之事。宫尔劝虽遭酷刑，但始终不改供词，就连硕色在奏折中也说：“三木之下，矢口不移。”
在查抄家产、严刑审问的同时，云南巡抚爱必达还奉旨对宫尔劝任内经手钱粮进行审查，经查实并无营私舞弊行为。但随后查出宫尔劝在管理汤丹铜厂时，沿袭陋规少报余铜，失察家人杜七营私舞弊，造成铜厂损失折银约在万两以上。这些损失，后来都由查抄宫尔劝原籍与云南任所家产所得全部补足，剩余部分家产并没有归还宫尔劝本人，而是被变现银充实了内务府。宫尔劝家人杜七当时也被抄家系狱，杜七在狱中一直坚称其侵占官铜获利之事主人一概不知。
也许乾隆皇帝觉得办理宫尔劝案太过草率，对二品大员动刑有所不妥。在得到硕色奏报后，谴责硕色错解旨意。他在上谕中说，当初下发“即加刑讯”的旨意，并非是“无论实与不实即当夹讯”。并说，宫尔劝如果在铜厂多收铜觔，婪索肥己，其家财必丰。如果不过沿袭陋规及家人私收加秤，则渔利甚微。今据招供，宫尔劝只是收取归公养廉银，路耗铜觔都已上报充公，而其任所、原籍资财也仅止此数，“何用加之夹讯乎？”
乾隆严厉谴责硕色：“甚属不知轻重，著严行申饬。”并说“此案宫尔劝究属有无入己，著再秉公详晰，分别另行定拟具奏”。硕色随后上折奏称，经过复审，最终查明宫尔劝“并无入己”。
案情虽告明了，但此案一拖再拖。直至乾隆二十年（1755）九月初十，乾隆皇帝才发布释放宫尔劝的上谕：“今年秋审册内官犯宫尔劝，著加恩释放。”而同案中的云南巡抚图尔炳阿早在乾隆十七年（1752）就被释放出狱并重新授官。宫尔劝仅仅是在乾隆二十二年（1757）乾隆南巡迎驾后，照原衔降四级赏给顶戴。
宫尔劝终于结束了数年的牢狱之灾。在处理此案上，乾隆皇帝没有过度为难宫尔劝，毕竟宫尔劝本人并没有贪赃枉法。图尔炳阿、宫尔劝亏空舞弊案，其实无法与后来的恒文案、钱度案、李侍尧案相提并论，此案过多的是官场倾轧和乾隆皇帝想当然一意孤行的结果，宫尔劝只是牺牲品，此案最终结局只能草草终了。后来云贵总督硕色、云南巡抚爱必达为宫尔劝最终拟罪时，称宫尔劝纵容家人私收铜斤，应按律拟杖流。乾隆朱批说：“家人已认藏，一句可了之事，而汝等总不能指出，何以服宫尔劝耶！”乾隆皇帝作朱批时还特别将“赃”字改成“藏”字。乾隆的话语一看即懂，宫尔劝案至此终了。而远离宦海、摆脱牢狱的宫尔劝，也由此开启了新的人生。