元（1219-1368）
元代设益都路总管府，辖区比金代变化较大。东、西、南三面疆域，均有缩小。但仍统领八州十五县。治所仍居青州。泰定三年（1326），朝廷封迈努为宣靖王，镇守青州。至元二年（1336），进封益王。
明（1368-1644）
明代将益都路总管府，易为青州府，疆域销有变化。又在青州府之上，设山东行中书省。明初时，其治所与山东都指挥使司，同驻青州。洪武九年（1376），山东行中书省，改为山东布政使司和提刑按察使司，实行行政与司法分离，并移居历城。同时于青州设布政分司，治所在今青州二中。