1937年7月12日,林徽因一行到山西代县,得知发生了“卢沟桥事变”,匆匆返回北平。8月,林徽因一家在战乱中踏上了流亡之路,他们从天津乘船去烟台,从济南乘火车南下抵达长沙。11月,日机轰炸长沙,林徽因一家险些丧生于炮火。1938年初,流落到昆明。1939年年初,因为日机轰炸,林徽因一家搬到昆明郊区龙泉镇麦地村。1940年初冬入川,住在李庄镇。
整个抗战期间,林徽因一家流离失所,漂泊在凄风冷雨中。
1941年春,林徽因的三弟林恒在对日作战中身亡。“中国还要上前,黑夜在等天亮……你们给的真多,都为了谁?你相信,今后中国多少人的幸福要在你的前头,比自己要紧；那不朽中国的历史,还需要在世上永久。”林徽因后来发表了《哭三弟恒》。
1946年7月,她返回北平时,孩子还在北戴河度假。林徽因在给子女的信中,流露了她对于抗战的坚定信念。在信中她跟梁再冰说:“如果日本人要来占北平,我们都愿意打仗,到时候你就跟着大姑姑那边,我们就守在北平,等到打胜了仗再说。我觉得现在我们做中国人应该要顶勇敢,什么都不怕,什么都顶有决心才好。妈妈同爹爹都在北平,不怕打仗,更不怕日本人。”
林徽因对于民族建筑遗产的关照,转为对民族生存命运的关注。陇海全线的激战让她兴奋,她说过想在陕西随军。
我们怎么来了解林徽因的这一份心思?她曾经积极地鼓动梁思成,完成《中国建筑史》的写作,当时可见的中国建筑史竟然是出于日本人的笔下。这还不算什么,图书的插图,中国的古建前面是日军,耀武扬威地手持着军刀。林徽因怒了。在英美留学时,他们就萌生了一个愿望,自己执笔编写《中国建筑史》,第一部中国人自己写的中国建筑史。多少年来,走城乡,收集资料,这一份写作早就开始了。